هدف کلی این تحقیق "بررسی وضعیت موجود آزادی علمی در نظام آموزش عالی و ارائه الگوی مطلوب"بود. روش تحقیق، روش ترکیبی از نوع اکتشافی (کیفی-کمی) بود که در آن داده های کیفی و کمی اما مکمل در مورد یک موضوع جمع آوری و تحلیل می شوند. جامعه آماری مورد نظر در بخش کیفی شامل 13 نفر از اعضای هیات علمی و صاحبنظران در زمینه آزادی علمی بود، و در بخش کمی، کلیه اعضای هیات علمی دانشگاه های دولتی بود که تعدادشان 44379 نفر گزارش شد. حجم نمونه با استفاده از جدول مورگان 325 نفر تعیین گردید که از طریق نمونه گیری خوشه ای چند مرحله ای انتخاب شدند. الگوی اولیه مدل با مطالعه ادبیات تحقیق استخراج و سپس سوالات مصاحبه برای بررسی در اختیار 13 نفر از اعضای هیات علمی قرار گرفت. بخش کیفی نشان داد که آزادی علمی از 5 مولفه اصلی و 17مولفه فرعی شامل؛ 1- ابعاد آزادی علمی (آزادی آموزشی ـ آزادی پژوهشی ـ آزادی بیان ـ آزادی اندیشه ـ آزادی یادگیری)، 2- چالش های آزادی علمی (قضایی، دولتی ـ نهادی ـ فردی ـ ماهیت علم)، 3- پیش نیازها (ملزومات) (عامل سیاست گذاران و تصمیم گیران ـ عامل ساختاری ـ عامل زمینه ای)، 4- راهکارهای نهادینه سازی (عامل فرهنگی، اجتماعی ـ عامل سیاسی ـ عامل اقتصادی)، 5- حدود آزادی علمی (عامل اخلاق ـ عامل حرفه علمی) می باشد. از داده های جمع آوری شده در بخش ادبیات پژوهش و بخش کیفی، سوالات پرسشنامه استخراج گردید. پایایی پرسشنامه از طریق آلفای کرونباخ 912/0 محاسبه گردید. روایی سازه پرسشنامه نیز با استفاده از تحلیل عاملی تاییدی و اکتشافی تایید شد. در فاز کمی، پرسشنامه ای مشتمل بر 75 سوال که روایی صوری آن توسط اساتید تایید شد در اختیار پاسخ دهندگان قرار گرفت. داده های کمی در قالب تحلیل توصیفی داده ها، تحلیل عاملی اکتشافی و تاییدی، آزمون T، و تحلیل واریانس با استفاده از نرم افزارهای SPSS و Lisrel تجزیه و تحلیل شدند. نتایج آزمون مدل کمی در وضعیت موجود آزادی علمی نشان داد که تمامی مولفه های آزادی علمی به جز حدود آزادی علمی پایین تر از میانگین قرار داشتند. ابعاد اخلاق و حرفه علمی در زیر مولفه حدود آزادی علمی، با میانگین (52/3) و (26/3) دارای بالاترین میانگین و بعد سیاسی و سیاستگذاران، با میانگین (22/2) و (37/2) دارای کمترین میانگین و رتبه در بین مولفه های آزادی علمی بودند. همچنین وضعیت مطلوب نتایج حاکی از آن