مشخصات پژوهش

عنوان	Bioinformatics Analysis of Cervical Cancer by the Construction of circRNA-miRNAmRNA Regulatory Network
نوع پژوهش	مقاله ارائه شده
کلیدواژه‌ها	بیوانفورماتیک
چکیده	سرطان دهانه رحم یکی از علل اصلی بروز سرطان و مرگ و میر در میان زنان است. circRNA ها از طریق سیستم های تنظیم ceRNA در ایجاد چندین بیماری نقش دارند. با این وجود، سهم دقیق شبکه تنظیمی شامل circRNA/miRNA/mRNA در اختلالات مختلف نامشخص است و هنوز به طور کامل مورد بررسی قرار نگرفته است. برای دستیابی به این هدف، دادههای نمایه بیان CircRNA را از مجموعه دادههای GEO جمعآوری کردیم. ما در مرحله بعد با استفاده از بسته R (Limma) به عنوان اولین مرحله، circRNA های بیان شده متفاوت ) DEC ) را شناسایی کردیم. علاوه بر این، miRNA هایی که توسط این circRNA ها کنترل می شدند با استفاده از یک پایگاه داده تخصصی برای circRNA های مرتبط با سرطان پیش بینی شدند. سپس، شناسایی ژنهای مرتبط با متقاطع ژنهای هدف، پیشبینیشده توسط ابزار وب miRWalk ، با ژنهای بیانشده متفاوت جمعآوریشده از مجموعه دادههای TCGA به دست آمد. تجزیه و تحلیل های غنی سازی عملکردی انجام شد و یک شبکه PPI با استفاده از نرم افزار Cytoscape ساخته شد. از این شبکه، 11 ژن هاب شناسایی شد. متعاقباً یک شبکه تنظیم کننده circRNA/miRNA/mRNA ) ایجاد شد 84914 miRNA های درختی ) hsa-miR-1-3p ، hsa-miR-505-5p ، hsa-miR-126-5p ) که توسط این circRNA ها تنظیم می شوند، نیز پیش بینی شدند پیشبینی شد و تجزیه و تحلیل غنیسازی عملکرد نشان داد که این ژنها عمدتاً با برخی از مسیرهای تنظیمی سرطانها مرتبط هستند ) AURKB ، MELK ، TOP2A ، ASPM ، CCNA2 ، NCAPG ، CDK1 ، TTK ، KIF11 ، BUB1B ) شبکه PPI این مطالعه می تواند درک نقش circRNA در سرطان دهانه رحم را بهبود بخشد و به گزینه های تشخیصی و درمانی جدید منجر شود.
پژوهشگران	فرزانه قلی زاده (نفر دوم)، علی طراوتی (نفر اول)