مشخصات پژوهش

عنوان	Exploring the Regulatory Network of circRNA-miRNA-mRNA in Thyroid Carcinoma through bioinformatic analysis
نوع پژوهش	مقاله ارائه شده
کلیدواژه‌ها	بیوانفورماتیک
چکیده	کارسیتوم تیروئید یک سرطان شایع با انواع مختلفی است که هر کدام تحت تاثیر ژن های مختلف قرار دارند. طبق فرضیه ceRNA ، circRNA ها فعالیت miRNA را تنظیم می کنند که بر سطوح بیان ژن تأثیر می گذارد لذا شناسایی شبکه circRNA/miRNA/mRNA می تواند اطلاعاتی را در مورد تشخیص و درمان سرطان تیروئید فراهم کند. در ابتدا، دادههای circRNA از پایگاه داده GEO بهدست آمدند و بسته Limma در R برای شناسایی circRNA هایی که به طور متفاوت بیان میشدند ) DECs ) استفاده شد. علاوه بر این، CSCD و circInteractom برای شناسایی microRNA های کنترل شده توسط این RNA های حلقوی، به ویژه آنهایی که با سرطان مرتبط هستند، استفاده شدند. پس از آن، miRWalk برای پیشبینی ژنهای خاص مورد استفاده قرار گرفت، که سپس با ژنهایی که بیان متفاوتی را در مجموعه دادههای TCGA نشان میدادند برای تعیین ژنهای مرتبط تقاطع یافتند. سپس یک تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی، از جمله آنالیزهای GO و KEGG ، برای شناسایی تأثیرات تنظیمی ژن کلیدی مرتبط با سرطان انجام شد. علاوه بر این، یک شبکه PPI با استفاده از نرم افزار Cytoscape ایجاد شد که ده ژن کلیدی را نشان داد. متعاقباً، یک شبکه تنظیمی شامل circRNA/miRNA/mRNA ایجاد شد. 13 circRNA که در سرطان تیروئید تنظیم شده بودند، با هفده miRNA تنظیم شده مرتبط بودند. این ارتباط برای پیشبینی 656 ژن که در کارسینوم تیروئید تنظیم شده بودند، استفاده شد. از بین این ژن ها، ده ژن مرتبط به عنوان ژن های کلیدی برای تجزیه و تحلیل بیشتر انتخاب شدند ) COL4A1 ، SPARC ، POSTN ، COL3A1 COL1A1 ، FN1 ، TIMP1 ، COL1A2 ، TGFB2 ، و LOX ) . با توجه به تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی، نتایج نشان داد این ژن ها در درجه اول در تنظیم رشد سرطان نقش دارند. در این مطالعه، شبکه circRNA/miRNA/mRNA به عنوان نشانگرهای بیولوژیکی برای کمک به تشخیص و توسعه کارسینوم تیروئید استفاده شد.
پژوهشگران	فاطمه بهار (نفر دوم)، علی طراوتی (نفر اول)