مشخصات پژوهش

عنوان	بررسی بیوانفورماتیکی الگوی بیان ژن در هپاتوسیت های ماهی قزل آلای رنگین کمان پس از مواجهه با EE2 به منظور تعیین مسیرهای توکسیکوژنیک
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	سمیت شناسی، ترکیبات شبه استروژن، بیوانفورماتیک، بیان ژن، ماهی
چکیده	بررسی اثرات ترکیبات شبه استروژنی نظیر اتینیل استرادیول (EE2) در اکوسیستم آبی، توسعه سنجش های غربالگری را برای ارزیابی خواص استروژنی مواد شیمیایی و اثرات آنها بر موجودات آبزی نظیر ماهی ها هدایت کرده است. در این راستا استفاده از روش‌های درون کامپیوتری (in silico) برای بررسی پاسخ‌های زیستی و یافتن نشانگرها در ماهی ها می‌تواند روشی خلاق، مفید و سریع باشد. هدف از مطالعه حاضر ارزیابی و مقایسه بیوانفورماتیکی پروفایل بیان ژن در سلول‌های کبدی ماهی قزل آلای رنگین کمان پس از مواجهه ۴۸ ساعته با EE2 نسبت به گروه کنترل به منظور معرفی نشانگرهای ژنی برای شناخت مسیرهای سمیت و پیش آگاهی از سمیت این آلاینده بود. داده‌های خام بیانی ریز آرایه به شماره دسترسی GSE68335 در توابع نرم افزاری R و R-studio به کمک الگوریتم های کمک نرم افزاری اختصاصی شامل BiocManager، limma، affycoretools، AgiMicroRna، pheatmap، tkWidgets، ggplot2 مورد ارزیابی کیفی قرار گرفت. سپس داده‌ها به کمک تابع کوانتایل نرمال سازی شد و با استفاده از آزمون T تحت فیلترهای ژنی مورد آنالیز آماری قرار گرفت و نتایج به صورت log FC با سطح معنی داری ۰۵/۰ و ۰۱/۰ گزارش شد. بیشترین تغییرات بیانی ژن‌ها در سه، چهار دسته ژن‌های ایمنی، تولیدمثلی، ژن‌های دخیل در هموستاز لیپیدی و ژن‌های سم زدایی مشاهده شد. کاهش بیان ژن‌های ppar و vtg، Il-10 و افزایش بیان ژن‌های Erb1، Cyp1A به عنوان ژن‌های نشانگر در نظر گرفته شد. به طور کلی مواجهه با EE2 سبب اختلال در تولید وتیلوژنین و متابولیسم لیپیدی و همچنین سرکوب مقاومت ایمنی می‌گردد.
پژوهشگران	سحر نوروزی (دانشجو)، سارا رستگار (استاد مشاور)، عبدالعلی موحدی نیا (استاد راهنما)