مشخصات پژوهش

عنوان	آنالیز بیوانفورماتیک پروفایل بیان ژن های کبد ماهی گورخری (Danio rerio) پس از تیمار با بنزوآلفاپایرن
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	کبد، بیوانفورماتیک، بیان ژن، سمیت، اکوتوکسیکولوژی، سرطان زایی، هیدروکربن‌های آروماتیک چندحلقه ای
چکیده	هیدروکربن‌های آروماتیک چند حلقه‌ای (PAHs) از جمله آلاینده‌های محیطی گسترده ای هستند که در اکوسیستم‌های آبی تهدید جدی به حساب می‌آیند. در میان این ترکیبات، بنزوآلفاپایرن BaP شکل اولیه از PAHهای پنج حلقه ای است که به عنوان ژنوتوکسیک، جهش زا، و تراتوژن برای موجودات آبزی شناخته شده است. این مطالعه با هدف ارزیابی و مقایسه بیوانفورماتیکی پروفایل ژنی در کبد ماهی گورخری مواجهه شده با ۳/۰ میلی‌گرم در لیتر BaP به منظور معرفی نشانگرهای ژنی برای شناخت مسیرهای سمیت و پیش‌آگاهی از این سمیت انجام شده است. داده‌های خام بیانی ریزآرایه با شناسه GSE43675 در بسته نرم‌افزاری R و R-studio به کمک الگوریتم‌های کمک نرم‌افزاری اختصاصی R شامل limma،genefilte ، DAAGbio، ggplot2، arrayquality AgiMicroRna، tkWidgets، plotrix مورد ارزیابی کیفی و کمی قرار گرفت و پس ازآن به کمک الگوریتم RMA نرمال‌سازی شد و به کمک آزمون t مورد آنالیز آماری و مقایسه قرار گرفت و نتایج بیانی ژن‌ها به صورت log2FC و با سطح معنی داری ۰۱/۰ گزارش گردید. ژن‌های با حداکثر تغییرات بیان در گروه مواجه شده با BaP نسبت به گروه کنترل گزارش شد. بیشترین تغییرات ژنی کبد پس از مواجهه با BaP مربوط به افزایش معنی دار بیان ژن‌های خانواده CYP1A و CYP1b و پروآنکوژن‌ junb بود که در فرآیند سم زدایی و استرس اکسیداتیو نقش داشتند. همچنین در گروه مواجهه نسبت به گروه کنترل، بیشترین کاهش معنی دار بیان مربوط به بیان ژن‌های CYPC19، ER a و vtg1 بود که در تولیدمثل و ساخت هورمون‌های جنسی نقش داشتند. به طور کلی نتایج نشان داد مواجهه ماهیان با BaP سبب بروز استرس اکسیداتیو و تحریک پروآنکوژن‌ها و افزایش التهاب در بافت کبد و سپس بروز اختلال در تولیدمثل و جنسیت ماهی گورخری می‌شود و اصلی ترین تغییرات بیانی سمیت کبدی را پس از مواجهه ماهی با BaP بر عهده دارند.
پژوهشگران	سارا رستگار (استاد مشاور)، عبدالعلی موحدی نیا (استاد راهنما)، آرزو فداکاران (دانشجو)