علم شهروندان به مشارکت مردم با دانشمندان، پژوهشگران و سیاستگذاران به منظور ارائه راه حل برای مشکلات موجود در جامعه اشاره دارد و اجرای موفّق آن مستلزم همکاری عامه مردم در پروژه است. مشارکت گروه بزرگی از افراد با پیشینه های مختلف و منافع گوناگون زمینه ساز بروز مشکلات اخلاقی خواهد شد. هدف این مطالعه شناسایی چالش های اخلاقی در رویکرد مشارکتی علم شهروندان با توجه به مجریان، بازیگران و ذی نفعان مختلف و ارائه راهکار برای آن ها است. در این راستا، ابتدا با مطالعه ادبیات موجود در زمینه اخلاق در علم شهروندان و جمع سپاری، مباحث اخلاقی که باید به آن ها توجه شود، شناسایی شده است. سپس با استفاده از رویکرد روش شناسی سیستم های نرم ساختاردهی مسئله را بررسی کرده و تحلیل هایی مبتنی بر شرایط و وضعیت مسئله ارائه شده است. جامعه آماری تحقیق یازده نفر، شامل چهار خبره دانشگاهی با پیشینه مطالعاتی در زمینه پروژه های مشارکتی و چهار خبره با تجربه اجرایی و همچنین سه حقوقدان بوده است. یافته های این پژوهش مبتنی بر تفسیر پژوهشگر از مصاحبه با خبرگان بوده است. طبق نتایج به دست آمده برای غلبه بر چالش ها نیاز به تغییراتی در نظام اخلاقی پروژه های مشارکتی علم شهروندان وجود دارد. این تغییرات عبارتند از: جزئی نگری در وضع و اجرای قوانین، تقویت زیرساخت ها، نظارت مستقیم و مداوم بر فرایند اجرا، فراهم سازی شرایط مشارکت برای همه داوطلبان، جبران خدمات متناسب با تلاش و مهارت مشارکت کنندگان، آموزش داوطلبان، شفاف سازی فرایند و تعامل با مشارکت کنندگان، تعیین استانداردها و اشتراک گذاری اطلاعات مجاز با جامعه در زمان مناسب.