باقر سیدعلیپور

آنزیم SOD1یک آنزیم مهم آنتی اکسیدانی است . این آنزیم دارای 153اسید آمینه است و وقوع جهش در آن باعث بیماری ALSخواهد شد که با روش های شبیه سازی مولکولی قابل ارزیابی است. جهت بررسی نقش جهش ها در ساختار و خصوصیات دینامیکی پروتئین ابتدا فایل PDBمورد نظر با کد 2C9Vاز بانک اطلاعاتی پروتئین دریافت شد. سپس جهش های G16Sو L106Vبر روی فایل 2C9Vایجاد شد . برای ایجاد ساختار ورودی جهت شبیه سازی دینامیک مولکولی برای آنزیم وحشی و جهش یافته ها از نرم افزار Gromacsاستفاده شد. با آنالیز داده ها در طول زمان شبیه سازی ( 5نانو ثانیه) چگونگی تغییرات ساختاری در پروتئین ارزیابی شد. با استفاده از جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی شد و همچنین بررسی RMSFنشان داد که در جهش یافته های G16Sو L106Vدر نواحی 71تا 79و 107تا 117کاهش در مقدار RMSFدر مقایسه با نوع وحشی مشاهده می شود که نشان دهنده کاهش در انعطاف پذیری و افزایش پایداری است. همچنین در نواحی 127تا 136جهش یافته ی L106Vافزایش قابل توجهی در مقدار RMSFدر مقایسه با نوع وحشی مشاهده شد. میانگین تعداد پیوند هیدروژنی برای جهش یافته های G16Sو L106Vبه ترتیب 103و 101در مقابل 100پیوند هیدروژنی برای نوع وحشی می باشد. این تغییرات هر چند اندک در میزان کاهش انعطاف پذیری G16Sموثر است. بررسی شعاع ژیراسیون فشردگی جزئی در جهش یافته G16Sو باز شدگی ساختار در جهش یافته ی L106Vرا نسبت به حالت وحشی نشان داد. مطالعات شبیه سازی دینامیک مولکولی تشکیل تجمع و تمایل به ALSرا برای جهش ها پشتیبانی می کند