مشخصات پژوهش

عنوان	طراحی و بهینه سازی‌ پرایمر دژنره‌ جهت بررسی تغییرات بیان‌ ژن‌: ژن‌ AMPK کرم خاکی Eisenia fetida، به عنوان یک گزارش اولیه
نوع پژوهش	مقاله ارائه شده
کلیدواژه‌ها	پرایمر دژنره‌؛ ژن AMPK؛ کرم خاکی؛ Eisenia fetida
چکیده	مقدمه: امروزه آنتی اکسیدان‌ها و اثراتی که در تغییرات بیان ژن‌ها، درمان بیماری‌ها و یا برخی از بیومارکرهای زیستی همچون کرم خاکی گونه Eisenia fetida دارند، توجه محققین زیادی را در زیست شناسی مولکولی، به خود جلب نمودند. یکی از این ژن‌های مهم، ژن‌ AMPK، در پایین دست مسیر پیام رسانی آنتی اکسیدان‌ها است که هیچگونه اطلاعاتی از آن در بانک داده ثبت و گزارش نشد. برای این منظور استفاده از پرایمر دژنره‌، که‌ احتمال‌ حضور چندین‌ نوکلئوتید بـه‌ طـور هـم‌-زمـان‌ در برخی از موقعیت‌های آن را نشان می‌دهد،‌ مورد توجه می‌باشد، اما طراحی و بهینه سازی این قبیل پرایمرها همواره از بحث‌های جدل برانگیز است. هدف: طراحی و بهینه‌سازی‌ پرایمرهای دژنره جهت شناسایی تغییرات بیان‌ ژن‌ AMPK کرم خاکی گونه E. fetida است. روش کار: برای این منظور ابتدا زیر شاخه (کلاد) چرخ زیان (Lophotrochozoa) از پروتوستوم‌ها به عنوان نزدیکترین گونه-های جانوری به گونه E. fetida، انتخاب شد. سپس توالی‌های آمینواسیدی AMPKی ثبت شده در پایگاه های ژنی از 23 گونه مختلف این زیرشاخه استخراج شدند. همترازی این توالی‌ها و همچنین تعیین و حذف توالی‌هایی که شباهت کمتری به اکثر توالی‌ها دارند، با استفاده از نرم افزار MEGA X صورت گرفت. طراحی پرایمر دژنره، با استفاده از نرم افزار J-کدهاپ (J-CODEHOP) انجام شد. نتایج و بحث: تجزیه و تحلیل پرایمرهای دژنره مختلف طراحی شده با نرم افزار J-کدهاپ، پرایمر روبه جلوی VDYC16x-f با توالی 5'-GCAGATCATCTCCGGAgtngaytaytg و معکوس DGEF32x-r با توالی 5'-GCAGGATGTTCGCAGraaytcnccrtc، که در این توالی‌های اولیگومری حروف بزرگ و کوچک به ترتیب نشان دهنده توالی توافقی و دژنره است،‌ انتخاب شده‌اند. این دو پرایمر با دژنرسی 64 و محدوده Tm نزدیک به هم، برای تکثیر قطعه 159 جفت بازی ژن‌ AMPK مناسب می‌باشند. با توجه به حساس بودن پروتئین AMPK به میزان انرژی سلولی با عملکرد در پایین دست مسیر پیام رسانی آنتی اکسیدان‌ها و به عنوان یک مارکر مولکولی دراین مسیر،‌ این توالی پرایمری دژنره می-تواند در بررسی تغییرات بیان رونوشت‌های ژن آن مورد استفاده قرار گیرد.
پژوهشگران	اباصلت حسین زاده کلاگر (نفر دوم)، نیما محسنی رودباری (نفر اول)