مشخصات پژوهش

عنوان	احتمال ارتباط چندشکلی های غیر همسان در خانواده ژنی کالیکرین با سرطان پروستات
نوع پژوهش	مقاله ارائه شده
کلیدواژه‌ها	کالیکرین، سرطان پروستات، تریپسین پروتئاز، بیوانفورماتیک، KLK4-S22A
چکیده	خانواده پپتیدازی کالیکرین (Kallikrein/KLK) شامل پانزده ژن کدکننده پشت سر هم حفاظت شده می باشد که با انواع مختلفی از سرطان ها از جمله سرطان پروستات در ارتباط است. هفت ژن از این خانواده از طریق تغییر در بیان، فعالیت یا به واسطه ی چندشکلی های ژنتیکی با سرطان پروستات در ارتباط اند. در این مطالعه از روش های بیوانفورماتیکی برای بررسی چندشکلی های مهم ژنی که می توانند احتمال ناهنجاری های مختلف به ویژه سرطان پروستات را افزایش یا کاهش دهند، استفاده شد. از میان تمام جهش های غربال شده توسط پایگاه داده ی NCBI-dbSNP، 9 چندشکلی ژنتیکی تک نوکلئوتیدی دگرمعنا (Missense) با فراوانی جهانی بالای 1/0 درمیان KLK1، KLK2، KLK4، KLK10 و KLK14 مشاهده شد. تأثیر هریک از این SNPها بر جنبه های مختلف عملکردی و ساختاری پروتئین توسط سرورهای SIFT، Polyphen-2، PROVEAN، I-mutant، SignalIP-6.0،GOR-IV و Rosetta بررسی شدند. تغییر آمینواسیدی L149P در KLK10 به عنوان یک تک نوکلئوتیدی دگرمعنای حذفی و مضر توسطSIFT، Polyphen-2 و PROVEAN شناسایی شد. همچنین طبق بررسی های انجام شده KLK4-S22A که بخشی از پپتید-سیگنال است، هم پایداری پروتئین (DDG= -1.39) و هم ساختار پروتئین را تغییر می دهد. براساسGOR-IV، ساختار دو بعدی این منطقه از حالت کویل به رشته ای-گسترده تغییر می کند. این SNP ها با ایجاد یک حالت لوپ مانند در ساختار سوم ناحیه ی پپتید-سیگنال می تواند سبب کاهش امکان جداسازی آن از ناحیه مرکزی و در نتیجه کاهش فعال سازی KLK4 می شود (S-possibility: 0.92; A-possibility: 0.79). بر این اساس چون پیش بینی می شود S22A در کاهش فعال شدن KLK4 موثر باشد لذا می توان به عنوان یک ماکر مولکولی جهت مطالعه ابتلاء به سرطان پروستات مورد توجه محققین بعدی قرار گیرد.
پژوهشگران	اباصلت حسین زاده کلاگر (نفر سوم)، طاهره زاهدی (نفر دوم)، نیما محسنی رودباری (نفر اول)