اغلب همه‌ی مردم همیشه تصور می‌کنند که شکارگران و گردآورندگان معمولاً گرسنه و بیمار بوده‌اند و زمانی که یکجانشین شدند و به تولید غذا پرداختن همه چیز رو به بهبودی گذاشت. ولی برعکس با شروع کشاورزی و زندگی در روستاهای دائمی کار کردن و تلاش برای به دست آوردند خوراک با مشقت زیادی همراه شد و همین تلاش زیاد و رژیم غذایی نامناسب باعث شد که انسان‌ها به بیماری‌هایی مبتلا شوند. حال در این مبحث با استفاده از رویکرد باستان‌شناسی اجتماعی به بررسی تأثیرات آن بیماری‌ها بر ساختار جوامع پرداخته می‌شود. بیماریهای دوره نوسنگی تبعات سنگینی برای انسان داشت و هر کدام به طور جدی به بدن او صدماتی را وارد کرد. کم‌خونی، ورم مفاصل، سوءتغذیه، پوسیدگی دندان و بیماریهای همه‌گیر از جمله بیماریهای دوره نوسنگی هستند که در این پژوهش به طور مفصل به شرح آن‌ها پرداخته خواهد شد. بیماری ورم مفاصل یک بیماری شایع در آن دوره بوده که در اثر کارهای سخت و تکراری ناشی از کشاورزی بر انسان نوسنگی تحمیل شده است و باعث از کارافتادگی بزرگترها می‌شده و آن‌ها مجبور بودند در خانه بمانند و کارها را به جوان‌ترها بسپارند. در دوره‌ی نوسنگی زنان می‌توانستند سالانه باردار شوند ( به خاطر از شیر گرفتن فرزند بزرگتر در سنین پایین و تغذیه آن با سوپ و حریره) و این یکی از دلایل افزایش جمعیت بود. با افزایش جمعیت و سکونت در استقرارگاه‌های دائمی، تماس افراد با یکدیگر بیش‌تر شد و رعایت نکردن بهداشت جامعه را مستعد شیوع بیماریهای عفونی و همه‌گیر کرد. این بیماریهای عفونی بر سلامت افراد تأثیر می‌گذاشتند و بیماری مثل سل که بیش-تر بر روی ریه افراد اثر می‌گذاشت و بیماریهای التهابی عفونی مثل سینوزیت از جمله آن‌ها بود. کشاورزان با کشت غلات به تأمین غذای خود پرداختند. غلات حاوی آهن کمی هستند و فیتات موجود در غلات مانع از جذب آهن می‌شود و کمبود آهن در بدن موجب بروز بیماری‌هایی از جمله هیپراستوز متخلخل و کریبراوربیتالیا می‌شود. اسکلت‌های کشاورزان اولیه نشانه‌های از کمبودهای معمولی غذایی مثل کمبود ویتامین ث که باعث خونریزی در سطح خونریزی در سطح استخوان و کمبود ویتامین د، که از سفت شدن استخوان جلوگیری می‌کند را نشان داده‌اند اما شایع‌ترین آن‌ها کم‌خونی بوده که در اثر قطع شیر مادر، کمبود آهن بدن یا به وسیله شرایط ژنتیکی مانند تالاسمی به وجود آمده است. همین غلات به دلیل کربوهیدرات زیاد باعث پوسیدگی دندان‌ها شد و علت پوسیدگی اسیدهایی بود که مینای دندان را حل می‌کند و مستقیماً با رژیم غذایی حاوی کربوهیدرات زیاد در ارتباط‌اند. هم-چنین در دوره‌ی نوسنگی با وجود فراوانی غذا مردم از سوءتغذیه رنج می‌بردند و این به خاطر خوردن نان فتیر، پوره، دانه‌های خورد شده، شیوه فرآوری غذا و ذخیره کردن غلات برای مدت طولانی و عوامل دیگر بوده است. در نهایت در این نوشته در خواهیم یافت درست است که شروع کشاورزی و یکجانشینی دستاوردی بزرگ بود ولی تبعات آن (بیماری‌ها، افزایش جمعیت و ...) خیلی بیش‌تر از آن‌چیزی بود که انسان نوسنگی انتظار داشت.
