تحقیقات بر روی فهم بهتر جریان سیال و انتقال حرارت در چاه حرارتی میکروکانال به طور گسترده ای صورت گرفته و برای کاربرد های خنک کاری طراحی های مختلف با هندسه های مختلف مورد بررسی قرار می گیرد. در این کار با توجه به گستردگی استفاده از میکروکانال های دایروی و مربعی و سهولت ساخت آن بر روی چاه حرارتی میکروکانال با دو هندسه دایروی و مربعی، شبیه سازی عددی انجام گرفته شده است. در این مقاله به هندسه مورد بررسی و شرایط و معادلات حاکم بر چاه حرارتی میکروکانال دایره ای و مربعی آورده شده است. نتایج به دست آمده نشان دهنده ی برتری میکروکانال با هندسه دایروی است. نتایج شبیه سازی CFD برای افت فشار در این دو میکروکانال این برتری را نشان می دهد. مقدار فشار برگشتی و تغییرات سرعت کمتر در چاه حرارتی میکروکانال دایروی نسبت به میکروکانال مربعی از جمله مواردی است که این برتری را نشان می دهد.