واقعیت عینی توزیع نامتقارن منابع آبی نسبت به تقاضای جوامع بشری در سطح کره زمین، مسئله ی انتقال آب بین حوضه ای را اجتناب ناپذیر نموده است. تعدادی از کشورهای جهان در این زمینه تلاش هایی کرده و به موفقیت هایی نیز دست یافته اند. با این حال، کاملاَ اثبات شده است که انتقال آب بین حوضه ای باعث اختلال در چرخه های هیدرولوژیکی مناطق متأثر از پروژه و تغییرات مخرب زیست بوم در حوضه های مختلف می گردد.این تأثیرات دوطرفه بوده و شامل اثرات مثبت و منفی می باشد. اثرات مثبت آن شامل افزایش منابع آبی جدید برای مناطقی که دچار خشکسالی و کم آبی هستند، تسهیل چرخه های آب، بهبود شرایط آب و هوایی در حوضه ی دریافت کننده ی آب، بازسازی زیست بوم های آسیب دیده از کمبود آب و حفاظت از فون و فلور جانوری و گیاهی در معرض خطر در مناطق کم آب است. از سوی دیگر، از اثرات منفی پروژه های انتقال آب می توان به شورشدن خاک ها و ایجاد خشکسالی در حوضه ی مبدأ، آسیب دیدن زیست بوم حوضه ی مبدأ و اطراف مسیر انتقال آب، افزایش مصرف آب، افزایش تولید پساب ها و فاضلاب ها، جانمایی نامناسب جمعیت ها و صنایع در حوضه ی مقصد و انتقال بیماری ها و تهدیدات جدی برای سلامت جوامع انسانی و زیستی، به عنوان بخشی از این اثرات منفی اشاره نمود. به دلیل این که انتقال آب بین حوضه ای، ریسک های بوم شناختی و زیست محیطی متعددی را به دنبال دارد، لذا، ضروری است در اجرای این پروژه ها با استفاده از تجربیات سایر کشورها، مسائلی همچون رابطه ی تعادلی آب بین حوضه ای، اختلافات و تعارضات احتمالی حوضه ی مبدأ و مقصد، مشکلات مربوط به کیفیت زیست بوم و ... به طور جامع و همه جانبه و به دور از تعصبات قومی و منطقه ای مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته و بر اساس بحث های کارشناسانه و استدلال های محکم و قوی ریسک های اکولوژیکی ناشی از اجرای این پروژه ها به چالش کشیده شود.
