اثبات همه‌ی اجزای رکن مادی تجاوز جنسی، مستلزم ارائه‌ی ادلّه‌ی اثبات می‌باشد، بنابراین در این پژوهش، چالش‌های موجود در شیوه‌ی ساماندهی ادلّه‌ی اثبات، با استفاده از تجربه‌های قضائی، مورد بررسی قرار گرفت. بررسی‌ها نشان می دهد دو دلیل شهادت شهود و اقرار، از دلایل ناکارآمد در اثبات دعوی تجاوز جنسی به شمار می روند؛ زیرا قیود فراوانی بر این دو دلیل، از سوی قانونگذار مقرر شده که بر توان اثباتی آن‌ها تأثیر گذاشته است. لذا این پژوهش، وضعیت اقرارهای ناقص و انکار شده و اقرار نزد سایر کنشگران غیرقاضی محکمه و پیچیدگی‌های حاکم بر شهادت شهود از جمله مشاهده ای بودن شهادت و امکان عدول از شهادت در دعوی تجاوز جنسی مورد بررسی قرار گرفته است، امّا علم قاضی به لحاظ گستردگی قراین علم‌آور، از مهمترین دلایل به شمار می رود که مصادیقی از این قراین با استفاده از تجربه‌های قضائی استخراج شده است هرچند بررسی رویه‌ی قضائی نشان می‌دهد که شبهه بر تمام ارکان مادی جرم تجاوز جنسی، سایه افکنده و یکی از دلایل عمده‌ی نقض رأی در دیوان عالی کشور است که به لحاظ گستردگی استناد به شبهه، حقوق بزه‌دیدگان به شدّت در معرض تهدید قرار گرفته است.
