قانون هوای پاک وظایف مختلفی بر عهده دستگاه های مجری این قانون نهاده و سازمان حفاظت محیط زیست را مسئول نظارت بر حسن اجرای این قانون ساخته است. اما با توجه به مشکلات متعددی که در اجرای موفق مفاد قانون رخ داده است، به نظر می رسد دستگاه های مجری به خوبی وظایف خود را به نحو مطلوب انجام نداده و سازمان حفاظت محیط زیست نیز قادر به نظارت بر حسن اجرای این قانون نبوده است. بنابراین این پرسش مطرح می شود که این سازمان با چه چالشهای نظارتی در تضمین حسن اجرای این قانون روبه رو است. این نوشته با روش تحقیق توصیفی، تحلیلی و آسیب شناسی حقوقی به بررسی اصلی ترین چالشهای نظارتی این سازمان پرداخته و به این نتیجه می رسد که قانون هوای پاک وظایف گسترده ای بر عهده این سازمان و دیگر دستگاه های مجری نهاده است که امکان نظارت موثر سازمان بر حسن اجرای این وظایف مقدور نیست. مهمترین چالشهای نظارتی سازمان را می توان در اشکالات خود این قانون مانند رویکرد دستور و کنترل و نبود ابزارهای تشویقی و تسهیل گرانه برای مجریان، نبود ابزارهای مناسب برای پاسخ خواهی از دستگاه های مجری قانون هوای پاک و نبود ضمانت اجرای مناسب برای الزام این دستگاه ها به انجام وظایف خود از یکسو، و اشکالات ورا قانونی مانند مشکلات اجرایی دستگاه‌های مجری از جمله کمبود منابع مالی، محدودیت در دسترسی به فناوری های روز، ناممکن بودن تغییر ساختار شهری، کم آبی و مشکلات اقتصادی از سوی دیگر جستجو کرد.
