در باب اجرا یا عدم اجرای قاعده اطراف شبهات موضوعیه، دو دیدگاه از سوی دانشمندان اصول فقه قابل باز شناسی است. یک دیدگاه قائل است که این قاعده در شبهات موضوعیه و البته حکمیه جاری است و در مقابل، دیدگاه دیگر منکر اجرای قاعده در شبهات موضوعیه شده است. هر کدام از دیدگاه های مذکور به ادلّه ای استناد جسته اند که نقد و بررسی آن دیدگاه ها و ادلّه آنها ما را به قول سومی رهنمود می سازد. مطابق نظریه مختار، از آنجا که شبهات موضوعیه مستنبط شرعی مانند شبهات حکمیه اند جریان قاعده، بلا اشکال می باشد البته در همین خصوص، جایی که مورد شبهه، اموال، دماء، فروج و أعراض باشد به دلیل حکومت و بنای عقلا از دایره شمول قاعده خارج می باشند و نیز در موضوعات غیر مستنبط شرعی، برائت عقلی مجرایی نخواهد داشت.
