جنس نعنا (Mentha L.) از مهمترین و پر مصرف ترین گیاهان خانواده Lamiaceae در صنایع غذایی و دارویی می باشد. طبقه بندی تاکسونومیکی این جنس به دلیل تنوع زیاد در خصوصیات ریخت شناسی و هیبریداسیون مکرر، پیچیده می باشد. مطالعات فیتوشیمیایی و گرده شناسی به همراه ویژگی های ریخت شناسی می تواند کمک شایانی به سیستماتیک گیاهی و طبقه بندی آنها کند. در این پژوهش، متابولیت های گیاهی جمعیت های گونه های M. aquatica، M. pulegium و M. longifolia در استان های گیلان، مازندران و گلستان، با روش های کروماتوگرافی گازی-طیف سنجی جرمی و اسپکتروفوتومتری، و ریخت شناسی دانه گرده آنها با میکروسکوپ الکترونی نگاره بررسی شد. نتایج نشان داد که در گونه M. aquatica، بتا-کاریوفیلن و ژرماکرن-دی، در گونه M. pulegium، پولگون و منتون، در گونه M. longifolia، دی-کارون و پیپریتنون اکساید، عمده ترین ترکیبات شیمیایی موجود در اسانس بودند. همچنین، میزان فنل، فلاونوئید، فلاونول، ساپونین، کاروتنوئید کل و میزان کلروفیل a و b دارای تفاوت معنی داری در بین گونه ها بوده و گونه M. aquatica بیشترین میزان از این متابولیت های ثانویه را نشان داد. دانه های گرده در جمعیت های مختلف این گونه ها به صورت منفرد، اغلب کروی کشیده، 6 شیاری، با تزئینات سطح اگزین شبکه ای بودند. طول قطبی (P)، عرض استوایی (E)، نسبت P به E، عرض شیار و فاصله دو شیار دانه های گرده در این گونه ها تفاوت معنی داری داشته و گونه های M. aquatica و M. pulegium به ترتیب بیشترین و کمترین مقادیر را نشان دادند. نتایج اشاره دارد به اینکه متابولیت های ثانویه و ریخت شناسی دانه گرده می تواند در شناسایی و تاکسونومی این گونه ها موثر بوده و به رده بندی آنها کمک نماید.