با توجه به این که حوزههای علمیه نقش مهمی در تمدن سازی دارند، بازتعریف نقش حوزه های علمیه در عصر حاضر ضروری است. بنابراین، از ابتدای شروع نهضت اسلامی در ایران، مساله ی حوزه های علمیه و ساختن نظام مطلوب آن، جهت تحقق تمدن اسلامی، یکی از اولین و مهمترین دغدغه های امام خمینی بوده است. از این رو، در پاسخ به پرسش اصلی مقاله مبنی بر بایسته های حوزه علمیه تمدن ساز، از بیانات دقیق و ژرف امام خمینی جهت ارایه الگویی مناسب، استفاده شده است. با بهره گیری از روش تجزیه و تحلیل از محتوای بیانات امام خمینی، در حوزه بایسته های فرهنگی؛ جامعیت حوزهی علمیه، اجتهاد جواهری با توجه به دو عنصر زمان و مکان، اهتمام به تهذیب نفس و رعایت اخلاق اسلامی، تبلیغ دینی مؤثر در عرصههای داخلی وبین المللی، اهتمام به مسأله وحدت، به عنوان مهمترین وظایف فرهنگی حوزه های علمیه، در حوزه بایسته های سیاسی؛ ورود درمسایل سیاسی، مرزبندی و تفکیک اسلام ناب محمدی(ص) با اسلام آمریکایی، توجه و جلوگیری از خطر نفوذ، و در حوزه بایسته های اقتصادی؛ تبیین الگوی اقتصاد اسلامی در تراز تمدن اسلامی، عدالت طلبی، مبارزه با فقر و حمایت از محرومان، شناسایی شد.