تولید مثل و به تَبَع آن وراثت، اصلی ترین عامل تداوم حیات در موجودات زنده است. انسان به عنوان یکی از این موجودات از این اصل مستثنی نبوده و عوامل حاکم بر اصل وراثت در همۀ این موجودات یکسان است. از آنجایی که باستان شناسی در پی کشف حقایقی پیرامون گذشتۀ انسان ــ جسمانی و فرهنگی ــ است؛ آگاهی از نحوه و فرایند به ارث رسیدن ویژگی های جسمانی انسان نیز یکی از دغدغه های باستان شناسی است. این مسئله با ظهور شاخه ای به نام باستان شناسی مولکولی یا ژنتیک باستان شناسی قابل دستیابی شد. واژۀ ژنتیک باستانی در دهۀ 1990 برای اشاره به استفادۀ اطلاعات مربوط به تفاوت های ژنتیکی بین انسان ها و فهم وقایع جمعیتی رخ داده در گذشته، ابداع شد. در اوایل دهۀ 1990 محققان پی بردند که DNA میتوکندریایی (mtDNA) به صورت یک واحد مستقل از مادر به ارث می رسد و از این طریق می تواند یک نشان گر خوب برای مطالعات قوم شناسی باشد. نشان گرهای DNA هسته نیز به طور گسترده ای در مطالعات قوم شناسی کاربرد دارند استفاده از نشان گرهای کروموزوم Y نیز به خصوص در چند سال اخیر بسیار زیاد شده است. به دلیل اینکه کروموزوم Y از پدر به ارث می رسد، اطلاعات ژنتیکی از کروموزوم Y در خصوص تاریخ جوامع، مکمل نتایج حاصله از DNA میتوکندری است. این ویژگی در انسان ها و دیگر موجودات زنده اعم از حیوانات و گیاهان مشابه است و نتایج حاصل از این مطالعات می تواند بسیاری از ابهامات باستان شناسی را برطرف کند. باستان شناسی مولکولی تاکنون در ایران مورد توجه نبوده و ابهامات بی شماری در خصوص تحرکات جمعیتی، جایگزینی-های جمعیتی، نسب شناسی و قومیت ها و ... در باستان شناسی ایران وجود دارد.
