توحید و معاد و نسبت میان آنها از مباحثی است که ملاصدرا بسیار به آنها توجه داشته است. شناخت توحید صدرایی بدون توجه به معاد ملاصدرا امر مشکلی است بیتردید بر اساس مبانی ملاصدرا مانند اصالت وجود، وحدت شخصی وجود، تفسیر علیت به تجلی، بساطت وجود و مساوقت وجود با کمالات، توحید و نسبت آن با معاد تفاوتهای اساسی با حکمتهای پیشین خواهد داشت. ملاصدرا همانطور که هدف از آفرینش یعنی نزول از وحدت به کثرت را ظهور توحید میداند، هدف معاد یعنی صعود کثرت به وحدت را نیز، ظهور و تفصیل توحید بیان میکند. باید توجه داشت توحید اولی و توحید ثانوی وجود ندارد چرا که توحید امر ثابتی است و تنها علم و معرفت انسان در حال تغییر میباشد و موجودات در نهایت نیز موصوف به عدم فیذاته خواهند شد چنانکه در ابتدا چنین هستند، فقط در نهایت به این امر معرفت پیدا خواهند کرد که هویت حقیقیشان همان عین الربط و عینالفقر بودن است. همه موجودات از عقول تا اسفل السافلین چون فطرت دارند، معاد دارند و مبدأ هر شیء بعینه غایت و معاد آن هست. به عبارت دیگر توحید از لوازم وجود موجودات بلکه عین وجود و عین فطرت آنهاست که نهایتاً همه به همان فطرت توحیدی برمیگردند.
