مناطق آزاد اقتصادی یکی از بازیگران متنوع نظام ملی نوآوری است که چشم پوشی از آنها و یا کاستی تعاملات آنها موجب کاهش عملکرد اقتصادی می شود. این مناطق در کشورهای درحال توسعه از اهمیت بیشتری برخوردار است؛ چرا که با جذب دانش و فناوری و نفوذ در بازار های جهانی موجب حمایت از بازیگران داخلی می شوند. ایفای چنین نقشی مستلزم فهم نظری این مناطق و تبیین کارکردهای مناسب آنها در نظام نوآوری است. مطالعه حاضر با بکارگیری مبانی نظری اقتصاددانش بنیان و کارکردهای نظام نوآوری، برای پوشش این خلا با استفاده از رهیافت استنتاج توضیحی- تبیینی بر اساس داده های مستخرج از مصاحبه های نیمه ساختاریافته (12 خبره)، اقدام به استخراج کارکردهای مناطق آزاد اقتصادی در نظام نوآوری کرده است. نتایج حاکی از آن است که مناطق آزاد می توانند به عنوان محیط آزمون نوآوری، محل آزمایش سیاست های نوآوری، انتقال دهنده دانش و فناوری، توسعه خوشه های نوآوری، تسهیل خلق نوآوری برای شرکت های خارج از نظام نوآوری، شبکه سازی و همکاری های بین المللی و جذب سرمایه گذاری خطرپذیر خارجی عمل کنند.