یکی از ارزشمندترین مخازن آبی شمال ایران دریاچه سد منجیل بوده که به غیر از ذخیره آب کشاورزی و تولید برق میتواند کاربردهای متعدد دیگری نیز داشته باشد به همین دلیل به منظور ارزیابی کیفی آب در طول یک سال و به صورت ماهانه فاکتورهای فیزیکی– شیمیایی و جامع فیتوپلانکتونی بعنوان شاخصهای تروفی در 5 ایستگاه در این دریاچه مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان دادندکه میانگین سالانه دمای آب 21/6±33/15سانتی گراد، عمق نفوذ نور 35/0±8/1 متر، نیتریت 01/0±017/0، نیترات 629/0±816/1، فسفات کل 113/0±13/0 و اکسیژن محلول 383/0±38/8 میلی گرم در لیتر بوده است. همچنین 22 جنس مختلف فیتوپلانکتونی در آن شناسایی شدند که بترتیب درصد فراوانی شاخه ها به Chlorophyta (42%) ، Cyanophyta (3/44%)، Pyrrophyta (3/6%)، Bacillariophyta (1/2%) و Chrysophta (05/0%)، تعلق داشتند. همچنین شاخص های اکولوژیک در راستای تنوع و غنای گونه ای فیتوپلانکتونی در دریاچه سد منجیل نشان داد که ترکیب گونه ای دارای تغییرات زمانی بوده و فاکتور های فیزیکی و شیمیایی مهمترین عامل این تغییرات تعیین گردیدند ولی عمدتا جنس های خاصی در طول سال غالب و تغییرات شاخص شانون- وینر مقدار کمی را نشان می داد. از دیدگاه وضعیت تروفی بر اساس مدل های به کار رفته این سد مخزنی کاملاً الیگوتروف تعیین شد که این به دلیل ورود مقادیر بالای رسوبات از منابع تأمین کننده آب این سد مخزنی بوده که عمق نفوذ نور را تا حدود زیادی کاهش می دهد