در گیاهان موادی وجود دارند که به مواد طبیعی معروف هستند. بیوسنتز مواد موثره موجود در گیاهان دارویی از این مواد طبیعی حاصل می شوند. مواد طبیعی شامل متابولیت های اولیه و ثانویه در گیاه هستند. متابولیت های اولیه برای موجود زنده اساسی و ضروری هستند. یعنی حیات موجودات زنده بستگی به حضور این مواد در پیکر آنان دارد. متابولیت های اولیه شامل کربوهیدرات ها، چربیها، اسید آمینه های مختلف، نوکلئوپروتئین ها، آنزیم ها و غیره می باشند. حضور متابولیت های ثانویه برای تداوم حیات چندان و یا به طور مطلق ضروری نیست و می توان گفت که این مواد عامل شیمیایی جریان های دفاعی حیاتی هستند. متابولیت های ثانویه شامل گلیکوزیدها، آلکالوئیدها، اسانس ها، فلاونوئیدها، موسیلاژها، تانن ها و … می باشند.
