باتوجه به محیط پیچیده، پویا و متغیر عصر حاضر، دیگر تغییرات تدریجی، راهگشای مشکلات کنونی سازمان ها نیست. سازمان ها برای پاسخگویی به این محیط ها و کسب مزیت های رقابتی، درپی بهبودهای چشمگیر معیارهای عملکردی هستند که این تغییرات انقلابی و رویکرد کل نگر را با نام مهندسی مجدد فرایندها (BPR) می شناسیم. علی رغم اثربخشی بالای این رویکرد، پیاده سازی آن در بیشتر پروژه ها با شکست مواجه می شود. در مقاله حاضر ابتدا با مروری جامع بر ادبیات پژوهش، 24 چالش اولیه شناسایی و براساس یک پرسشنامه و با استفاده از نظرات هشت خبره و با کمک روش دلفی فازی، تعداد 9 چالش به عنوان مهم ترین چالش ها در پیاده سازی مهندسی مجدد فرایندها، انتخاب شد. سپس با روش مدل سازی ساختاری تفسیری (ISM) این عوامل به طور سلسه مراتبی اولویت بندی شدند. یافته های پژوهش، نشان می دهد که سه چالش تردید درمورد نتایج احتمالی انجام BPR، نگرانی کارکنان از امنیت و ثبات شغلی و مقاومت در برابر تغییر کارکنان را به عنوان سه چالش اصلی و ریشه ای انجام و پیاده سازی BPR باید درنظر گرفت. آنچه مسلم است، پذیرش پروژه BPR و تغییرات متعاقب آن توسط نیروی انسانی، مهم ترین مسئله پیاده سازی موفقیت آمیز BPR است.
