متیلن تتراهیدروفولات ردوکتاز (MTHFR) یک آنزیم کلیدی در مسیر فولات است که نقش اساسی در فرآیندهای اسپرماتوژنز ایفا می کند و تغییرات در سطح بیان این ژن می تواند منجر به ناباروری مردان شود. در این تحقیق متیلاسیون پروموتر ژن MTHFR و ارتباط آن با الیگواسپرمی مردان به عنوان یک مطالعه موردی- شاهدی به همراه تجزیه و تحلیل شبیه سازی کامپیوتری (in silico) انجام شد. برای این منظور نمونه های سمن 73 فرد الیگواسپرمی و 75 فرد سالم از مراکز ناباروری بابل براساس قوانین WHO جمع آوری شدند. سپس DNA ژنومی نمونه ها با استفاده از روش جوشاندن استخراج شد. DNAی ژنومی با بیسولفیت تیمار شدند و سپس ناحیه ی پروموتری ژن MTHFR به روش MSP-PCR تکثیر شد. ارزیابی ناحیه پروموتری با استفاده از برخی از ابزارهای in silico مانند سرور EPD، MotifSof، CisRed، ChIP-seq، PReMod و CustomTrack در UCSC صورت گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد ارتباط چشمگیری بین متیلاسیون پروموتر جزایر CpG و خطر الیگواسپرمی (Methylated status: OR= 11.83, 95%CI= 95% CI= 1.43-97.77, p= 0.022; Heterogenous status: OR= 3.12, 95% CI= 1.30-7.50, p= 0.011) وجود دارد. تجزیه و تحلیل in silico نیز نشان دادکه ناحیه پروموتری ژن MTHFR دارای مناطق حذف نوکلئوزومی (Nucleosome exclusion region) با امتیاز بالا می باشد. بطوریکه در این ناحیه یک bona-fide CGIs و شش عدد PROSITE motifsبدون TATA box وجود دارد. به علاوه در این ناحیه جایگاه اتصال 14 فاکتور رونویسی قرار دارد که به طور مستقیم در فرآیند اسپرماتوژنز نقش دارند. بر طبق این یافته ها، متیلاسیون ناحیه پروموتری ژن MTHFR می تواند به عنوان یک بیومارکر مولکولی مناسب جهت پیش بینی الیگواسپرمی در افراد ایدویوپاتیک با ناباروری باشد.