اباصلت حسین زاده کلاگر

نقص در پروتئین های Col12A1 به عنوان یکی از اجزای ماتریکس خارج سلولی و CD44 به عنوان یک مولکول چسبنده در سطح سلول می تواند در سقط خودبه خودی مکرر زنان (RSA) نقش ایفا کنند. مطالعات قبلی نشان دادند که وجود پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی (SNP) در ژن های کد کننده پروتئین ها می تواند در ساختار، عملکرد و برهمکنش این قبیل پروتئین ها موثر باشد. هدف این تحقیق بررسی ارتباط هریک از ژنوتیپ های rs970547C>T ژن Col12A1 و rs13347C>T ژن CD44 با RSA به صورت یک مطالعه ی موردی-شاهدی و تحلیل کامپیوتری است. برای این منظور ابتدا اطلاعات ژن های فوق از پایگاه داده NCBI انتخاب شدند. سپس تجزیه و تحلیل SNPها با ابزار وب های SNP & GO، Polyphen، PROVEAN، PhD-SNP، I-Mutant، SIFT، PSIPRED و LOMET و نرم افزار chimera-USF و نیز مسیرهای سیگنالینگ پروتئین ها و تعامل فیزیکی COL12A1 و CD44 به ترتیب توسط ابزارهای وب KEGG-pathway و GeneMANIA انجام شدند. جهت شناسایی فراوانی آلل ها و ژنوتیپ های rs13347C>T و rs970547C>T، 248 نمونه خون سیاهرگی از زنان مراجعه کننده به مراکز درمانی ساری، قایمشهر، بابل و آمل (شامل 124 زن سالم با دو بارداری طبیعی و بدون سابقه سقط و 124 زن با حداقل سه بار سقط مکرر جنین) در لوله های سیتراته جمع آوری گردید. استخراج DNAی ژنومی با استفاده از روش salting out انجام شد. قطعات دربرگیرنده هر یک از پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی با استفاده از پرایمرهای اختصاصی به کمک تکنیک PCR تکثیر شدند و ژنوتیپ نمونه ها با استفاده از هضم آنزیمی به روش RFLP تعیین گردید. نتایج نشان داد که ژنوتیپ های CT (027/0 p-value=) و TT (032/0 p-value=) برای rs13347C>T از ژن CD44 و ژنوتیپ TT ( 044/0 p-value=) و آلل T ( 019/0 p-value=) برای rs970547 از ژن COL12A1 به ترتیب باعث افزایش و کاهش خطر ابتلا به RSA می شود. بررسی ساختارهای سه بعدی نشان داد که rs970547C>T ممکن است بر ساختار و عملکرد COL12A1 تأثیر بگذارد. نتایج GeneMANIA نشان داد که COL12A1 و CD44 با MMP2 و MMP9 تعامل دارند. این تعاملات ممکن است بر چسبندگی سلول های جفت به ماتریکس خارج سلولی دیواره رحم با تأثیر بر MMPsها تأثیر گذاشته و منجر به RSA شوند. براین اساس، بررسی های فراتحلیلی و یا مطالعه در جمعیت های بزرگتر هریک از لوکوس های ترانزیشنی rs13347C>T و rs970547C>T